Родился 19 июня 1964 года в деревне Радостово Дрогичинского района Брестской области.
Отец Павел Денисович Вакульчик работал директором колхоза «Красный партизан» (1971-1986). Мать — Мария Алексеевна, трудилась сельским учителем, директором школы в д. Липники. Валерий был старшим ребенком в семье.
Закончил Радостовскую среднюю школу. В 1985 году — Харьковское гвардейское высшее танковое командное училище. В 1992 году — Высшие курсы военной контрразведки КГБ СССР. В 2011 году — Академию управления при президенте Республики Беларусь. С 1985 года по 1991 год проходил военную службу в Вооруженных силах СССР.
С 1991 года по 2008 год служил в органах государственной безопасности Республики Беларусь. Начинал карьеру в Брестском пограничном отряде. Был начальником отдела военной контрразведки КГБ в пограничных войсках.
Председатель Следственного комитета РБ (2011-2012), председатель Комитета государственной безопасности РБ (2012-2020). Генерал-лейтенант. Государственный секретарь Совета Безопасности РБ (3 сентября — 29 октября 2020).
17 сентября 2020 года Глава Совета Безопасности Валерий Вакульчик назначен уполномоченным представителем Президента по Брестской области.
В мае 2025 года Александр Лукашенко назначил Валерия Вакульчика руководителем Аппарата Совета Министров Беларуси.